咖啡中的化學成分十分複雜，有上千種至多，甚至還有近200種未知的化學物質，但鑑於咖啡作爲世界第三大貿易品，西方國家和阿拉伯國家已有數百年的飲用史也未見其死亡率高於中國人，可見咖啡作爲一種飲料還是安全的。

咖啡中最臭名昭著的莫過於 咖啡因了，雖然咖啡因在茶、可樂等日常飲料中普遍存在，甚至某些茶類飲品中的咖啡因含量高於咖啡，但由於這種物質就叫“咖啡”因，所以說到它我們就會想起咖啡。

咖啡中的咖啡因含量應品種而有很大的出入，一般阿拉比卡種的咖啡因含量在1.1%~1.5%，羅百斯特種的咖啡因含量則高達2.5~4%。另外咖啡因的水溶性還受到萃取溫度和時間的影響，一般一杯美式咖啡的咖啡因在150mg左右，手工咖啡(虹吸壺等)120mg左右，意式咖啡則在80mg左右。

人體一天的咖啡因攝入在300mg以內是安全，當然根據身高體重體質會有所不同，但一般來說每天3杯高品質的咖啡是沒有任何問題的。