人類身體難免會生病，植物也會遭遇病
蟲害。咖啡樹當然也有其病蟲害問題。臺灣有不少種咖啡的人，經常向顧客保證臺灣咖啡沒 有病蟲害，是最安全的食品。咖啡是一種很安全的食品，並無疑慮（指農藥殘留問題），不過無論咖啡種在什麼地方，不分國內或國外，多少會遭受各種病蟲害侵襲 或感染。遭遇病蟲害，難免要施行防治工作，無論施用化學農藥，或是採用生物性有機防治，都要做好咖啡園病蟲害防治工作。否則，病蟲害所造成的產量損害程 度，嚴重者可以達到80％以上。至少也會影向咖啡豆外觀，降低咖啡豆品質。
臺灣地區目前已發現的
咖啡蟲害，主要有介殼蟲、東方果實蠅、咖啡木蠹蛾、扁刺蛾、天牛、毒蛾、潛葉蟲、金龜子和蝸牛。介殼蟲類爲害最嚴重的是粉介殼蟲，再 來是硬介殼蟲和圓介殼蟲。非洲地區的盧旺達，咖啡果甲蟲（Coffee Berry Borer, CBB）爲害很普遍，是影向收成的一種重要蟲害。雌成蟲在果實快成熟時，鑽入果實內，將卵下在果實內，卵孵化後，幼蟲鑽進種子內啃食種子。使種子（咖啡 豆）失去商品價值。
咖啡樹常見的4種病
蟲害—（1）葉鏽病（2）
炭疽病（3）咖啡果小蠹【鑽果蟲】（4）
東方果實蠅。這4種病蟲害也是臺灣地區目前主要的病害與蟲害。其他的病蟲害暫且省略，以後有機會再介紹。
（1）葉鏽病（Leaf Rust）是真菌性病害的一種。病原菌性喜溼涼，感染嚴重時節是在春、秋兩季。其袍子發芽最適宜溫度爲22℃—— 25℃之間。發病初期葉子背面會有凸起之淺黃色粉末狀物，其病斑會引起落葉致整株咖啡樹枯死，因此葉鏽病可稱之爲咖啡業的“黑死病”。（在日光強之地比較不會發生，陰涼雲氣多之地發生機率大，尤其雨季過後。）
（2）炭疽病（Coffee anthracnose Disease）也是真菌性病害的一種，但可耐高溫，可達30℃—— 33℃。一般會感染青果實而造成褐色凹陷斑，表面會有淺粉紅色袍子，甚而感染枝葉，造成枝條黑枯掉、果實掉落，俗稱“果腐病”。（咖啡樹需疏枝及修剪，保持良好的通風及充足日照）
（3）
咖啡果小蠹（Coffee Berry Borer）又名咖啡果甲蟲或鑽果蟲。最早記載於1867年，並於1901及1903年相繼於非洲被發現。目前已是全世界咖啡產區最嚴重的蟲害，主要危害樹上的果實以及採收後的生豆。咖啡果小蠹的飛行能力不強，大部分隨生豆的買賣由甲地傳至乙地，以至傳到世界各地。該蟲喜潮溼，常隱藏在落果中，有時地面落果中的“ 果小蠹”的後代之數量遠較樹上的果實爲多。
（4）東方果實蠅（Qriental fruit fly）--當果實已有6、7分成熟時，
東方果實蠅便很容易發現它的蹤跡，尤其適合生存於海拔400米—— 600米之間的咖啡園，所以是臺灣咖啡最重要的蟲害。雌蟲產卵於“黃熟果”皮下，幼蟲蛀食果肉而使果實腐爛落果現象，咖啡產量因而降低。尤其臺灣南部冬季氣候較溫暖，應特別注意。）
※防治與管理方法：
（1）葉鏽病（Leaf Rust）的症狀出現會一年比一年嚴重，大約到了第七年至第十年，進入枯死期。
＊ 藥劑防治----
1 75％嘉保信可溼性粉劑（Oxycarboxin）稀釋1500倍。每公頃每次施藥量1公斤。發病初期每7天施1次。
2 50％三氟敏水分散粒劑（Trifloxystrobin）每公頃每次施藥量0.2公斤，稀釋6000倍。每隔7天施1次，連續三次。
（2）咖啡炭疽病（Coffee anthracnose Disease）主要發生在非洲咖啡生產國，目前臺灣也有發生，所以咖啡農要特別小心。
＊藥劑防治----1 40％克熱淨可溼性粉劑（Iminoctadine tris）稀釋1500倍。開花初期起，每隔7——10天施藥一次，連續4次。結果後每隔14天施藥一次，連續4次。
2 25.9％得克利水基乳劑（Tebuconazole），使用方法同上。
（3） 咖啡果小蠹（Coffee Berry Borer）在咖啡成熟果實採收後應儘可能將樹上、地面上的未成熟或掉落的果實全部收集並銷燬。
＊藥劑防治----
1 利用工業甲醇以1：1的比例調製，可有效誘引咖啡果小蠹的雌蟲。
2 利用天敵或蟲生真菌進行生物防治，如寄生蜂（黃蜂）
3 安殺番（Endosulfan）殺蟲劑。
（4）東方果實蠅（Qriental fruit fly）是一種世界性的蟲害，臺灣咖啡種植者不能輕忽。
。
