並非不使用化學肥料,農藥就可稱作爲有機。必須經由第三方的認證機構對水質,土壤,環境,用藥等,定期,不定期做檢測,符合條件所給予之認證,方可稱作爲有機。
認證咖啡：即是經過某個具公信力的單位認證的咖啡，常見的有有機認證、公平交易咖啡。
有機咖啡：不管是否經過認證，採取有機耕作而產出的咖啡。要注意的是有些採取認證途徑的農夫，在三年的有機轉型期間即出售咖啡，在認證上這不算有機咖啡。
精品咖啡：根據努森（Erna Knutsen）女士首先提出的定義：「特殊氣候及地理條件生產出具備獨特香氣的咖啡豆（Special geographic microclimates produce beans with unique flavor profiles）。」
「有機」與「認證」真的站得住腳嗎？消費者購買認證咖啡通常只在意「認證」而非品質。認證不啻成了行銷有機農產品的方法。因此對於精品咖啡業者，也就是品質取向的咖啡業者造成衝擊。因爲只要冠上有機認證咖啡，每磅的價格極高於市場價格10美分（約454公克的咖啡生豆高於市價3.14元臺幣）。並且所謂認證並不能保證其風味，因爲認證只是「符合某些標準｣。
取得認證。因爲有機轉型期最少三年，他們也得付費認證與審查，對於農夫來說這是個足以陷入資金危機的負擔。
另一個問題來於農夫對由於濫用認證而產生的的不信任感及所得無法支持有機的生產模式。
最後是知識上的缺乏。多數咖啡生產國在有機工作研究、推廣及教育都遠不及傳統的商業耕作，對
有機咖啡不得其門而入的農夫們只能選擇商業耕作。另外大部分有機耕作的研究都集中在溫帶氣候地區，在咖啡生長的熱帶氣候是行不通的。
既然認證有這些問題，可是我又想喝好咖啡，我們消費者該如何是好呢？
消費者可以做的是──購買前多問，多想幾分鐘。我們有權利知道我們喝的是什麼東西，並要求更多資訊，解決資訊不對等。現今品質優良的咖啡都有充分的資訊表示這批豆子的名稱、產區、次產區、處理法、品種、生產者或合作社、收成時間、烘豆師及風味描述等等。我們必須想想，要的只是「認證」，抑或更多？如果無法提供足夠消費者所需的資訊那這批咖啡豆爲何配得上「認證」？又或者這個認證可信嗎？
對業者而言，其實業者在另一方面也是消費者，只是必須考量成本、收益諸多因素，如果能在挑選或進口生豆的時候換個考量方式，如挑選品質優良的生豆並將理念傳達給消費者，也可以創造雙贏。現在有許多業者採「直接貿易及技術支援」的方式，也就是與產地的農夫合作，逐年生產出更優質的咖啡生豆，一方面可以減少中間不公的剝削，另一方面也得到了高優質咖啡生豆。
