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由加利福尼亞大學戴維斯分校領導的國際研究小組的遺傳學家公開發布了阿拉比卡咖啡(Coffea arabica)的第一個公共基因組序列。
2014年，由法國發展研究所的Philippe Lashermes博士領導的研究人員生成了羅布斯塔咖啡的高質量草案基因組，科學上稱爲Coffea canephora(syn.Coffea robusta)。然而，對於更高價值和更具遺傳性複雜的小粒咖啡(Coffea arabica)，沒有可公開獲得的基因組序列。
“阿拉比卡咖啡的新基因組序列包含對於開發高質量，抗病的咖啡品種至關重要的信息，這些品種可以適應氣候變化，預計將在未來三十年內威脅到全球咖啡生產，”共同作者博士解釋說。 Juan Medrano，來自加州大學戴維斯分校。
“我們希望Coffea arabica序列最終將使每個參與咖啡的人受益 - 咖啡種植者，他們的生計受到咖啡葉鏽病等破壞性疾病的威脅，咖啡加工商和世界各地的消費者。”
具體而言，基因組是從稱爲藝伎的非凡品種中測序的。
“Geisha品種起源於埃塞俄比亞西部Maji和Goldija山脈，靠近藝妓鎮，是一種以其獨特的芳香品質而聞名的選擇，”研究人員解釋道。
“咖啡傳統上是在酸性土壤，溫暖的溫度和高溼度的非常特定的生長條件下，在赤道緯度低於25度的世界範圍內種植的，”他們說。
“在過去的6年裏，藝伎在加利福尼亞州聖塔芭芭拉附近成功種植，北緯19度，位於任何其他種植園以北。”
Medrano博士及其同事從23種藝妓咖啡樹的不同組織和發育階段收集了遺傳物質 - DNA和RNA樣本。他們說：“我們對這一品種的DNA和轉錄組進行了取樣和測序。”
“收集來自不同組織和發育階段的RNA樣本並測序以結合ab initio方法增強基因模型預測。”
該團隊估計，藝伎的基因組由11.9億個鹼基對組成 - 約爲人類基因組的三分之一。該研究結合了基因組測序和基因組裝配的最新技術，揭示了估計有70,830個預測基因。
展望未來，作者將專注於識別與咖啡質量相關的基因和分子途徑，希望這些能夠更好地理解藝妓咖啡的風味特徵。該序列的詳細信息於2017年1月15日在加利福尼亞州聖地亞哥的PAG(植物和動物基因組)XXV會議上公佈。
