每一杯黑色濃醇的咖啡，都來自於咖啡豆研磨萃取，咖啡豆本身的品質，影響入口的風味。臺灣的咖啡豆有95%都來自於海外，根據衛福部食藥署2014年食品邊境查驗年報手冊，臺灣自國外
咖啡豆進口數量爲3.2萬公噸，與2006年相比，成長二倍以上。但官方數據統計更新較慢，臺灣咖啡協會理事長吳怡玲指出，
咖啡豆進口數量年增率幾乎超過30％，粗估近十年來，臺灣
咖啡豆進口數量至少成長2.7倍。
臺灣
咖啡豆進口來源多達73國，報驗批數前5大國分別是日本、美國、越南、印尼、馬來西亞。由於來源相當多元，爲了做好基本食品安全把關，食藥署在海關進行邊境查驗時，農藥殘留與赭曲毒素是咖啡豆的抽驗項目。
赭曲毒素（Ochratoxin A）是由青黴菌與麴菌所分泌的二級代謝產物，具腎臟毒性、免疫抑制性、致癌性等，屬2B類致癌物。赭曲毒素黴菌普遍存在於大自然中，其中以黃豆、花生、玉米、咖啡豆等農產品如果保存不當，在高溫多溼的環境下就容易受到赭曲毒素的污染，赭曲毒素若是長級積累在人體內，可能造成腎、肝等病變。 因此如果有經常大量飲用咖啡的人，需特別留意。
不過從咖啡豆加工製程來看，咖啡果實經過加工至生豆含水量僅剩12％，而烘焙過後的熟豆，含水率更是在5%以下，在乾燥狀態下存放，不易發黴。不過，咖啡豆若在海運過程受潮或是存放不當，仍會有產生赭曲毒素的風險。吳怡玲就曾在七八Ｏ年代時，看過海運途中受潮，導致大量咖啡豆變質，仍能通關銷售的情況。不過這樣的問題在咖啡協會與業者的積極宣導下，已不復見。
國內的大型咖啡進口商，都有咖啡倉儲空間，以吳怡玲任職的金車咖啡爲例，存放大量生豆的倉庫裏至少有三層樓高，目的就是保持空氣流通，如果遇到多雨季節則有專人負責維持倉儲溼度，維持咖啡豆存放品質。而有鑑於消費者對於咖啡豆品質的要求愈來愈高，金車咖啡則正在興建具有冷藏空調設備的咖啡倉儲，讓咖啡住進冷氣房，讓品質風味維持最佳狀態。
至於，咖啡豆是否有農藥殘留的問題，吳怡玲走訪世界各大咖啡生產國發現，多數爲貧窮落後的國家，農民施用農藥不符經濟效益，而且咖啡果實經加工處理後，殘留農藥的機率極低。而食藥署歷年的咖啡抽驗結果，不合格率極低。
不過，也有咖啡業者透露，咖啡邊境查驗是“抽樣”，並非逐批檢驗，運氣不好仍有可能喝到瑕疵豆。因此許多業者購買生豆後，會在烘焙之前，再進行人工篩選，確保豆子品質。甚至有些人會認爲，沒有經過人工篩選的大宗商業用咖啡豆，摻混瑕疵豆機率高，品質相對較差。
吳怡玲認爲“要經過人工挑豆纔是好咖啡”的觀念並不適用於一般大衆，一般而言，會需要人工挑豆的咖啡，通常是品嚐少量生產的精品咖啡，以及參與咖啡競賽時用來杯測的咖啡。一般咖啡豆到加工後，都會依照產地、生廠高度、顆粒大小以及樣品中的不完善數量（包含碎豆、卵石或樹枝等）進行“分級”（grading）。
而且現在咖啡豆自動化篩選，已從利用紅外線辨識，進步到色選機，生豆進入導槽後，色選機會依照設定，將不符顏色設定的缺陷豆從豆流中吹出，經過色選的豆子，也還會經過輸送帶再進行人工篩選挑出明顯的瑕疵豆。因此在選豆子時，廠商只需確認樣品豆是否符合分級，因爲經過分級的豆子自然有相對應的品質，在後續烘焙飲用時，無須過度擔心。
